检测基因就是进行基因序列分析。我们知道如果对人3万多个基因进行测序分析，要花很长时间且费用高。所以现在的DNA鉴定只选取某些基因的某些位点进行分析，虽然准确度达不到100%，但也有99.99%，所以可完全满足要求。

用于DNA亲子鉴定的位点一般是选用微卫星重复序列（见下图）或单核苷酸多态性 （SNP）。微卫星序列是一种1-4个碱基的重复，如(A)n, (CA)n, (CAG)n和(CATG)n等。在人群中重复次数n是不一样的。下图显示的是CA两个碱基的重复，以及三个个体的重复次数，分别是16，14和11。父母和子女的重复次数应该是一致的。如果多个位点都是一致的，就可以推定父母和子女的关系成立。

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利用DNA进行亲子鉴定，只要选取一些基因座做检测，如果全部一样，就可以确定亲子关系；如果有3个以上的位点不同，则可排除亲子关系；若是有一两个基因座不匹配，则可以考虑基因突变的可能，需增加一些基因座进行辨别，并且需要计算亲权指数和亲权概率，当亲权指数（CPI）大于10000或者亲权概率（RCP）大于99.99%的时候，就可以认定为具有生物学亲子关系。